W końcu dostałem odpowiedź od znajomego. U niego oba dyski dają się w pełni modyfikować i można z nimi robić wszystko to co z dyskami podłączonymi bezpośrednio pod IDE/SATA.
Wniosek z tego taki, że albo masz uszkodzony kontroler albo niektóre kontrolery/obudowy mają taką możliwość a inne nie. Przy czym pierwsza opcja jest bardziej prawdopodobna.
Ale słyszałem już kiedyś, że niektóre dyski zewnętrzne nie współpracują z niektórymi płytami głównymi. Mało konkretnie ale sugeruje że nie wszystko jest ze sobą w pełni kompatybilne.
To tyle ode mnie.